Менеджер загрузок (S3) - это дополнение к браузеру Firefox , которое поможет вам контролировать свои Загрузки
Это новая жизнь для старого известного дополнения Download Statusbar , которое, в связи с критическими изменениями в Firefox 26+, перестало работать
это нормальное поведение
при отрисоввке списка закачек проверяются файлы на существование и если они не существуют по сохраненному пути, то иконка с крестиком
более того - если кликнуть на "очистить", то с начало очищаются "удаленные" закачки и только при повторном клике очищается всё остальное