Менеджер загрузок (S3) - это дополнение к браузеру Firefox , которое поможет вам контролировать свои Загрузки
Это новая жизнь для старого известного дополнения Download Statusbar , которое, в связи с критическими изменениями в Firefox 26+, перестало работать
пожалуйста - сделайте скриншоты настроек из вкладки "основные"
обратите внимание - Clear имеет двухдиапазонный режим:
1) первый клик очищает закачки у которых "файл не найден" (такие закачки помечены красным крестиком)
2) второй клик очищает все остальное
если удаленных/перемещенных файлов нет, то сразу отрабатывает пункт 2